Sim, o fundamento está na constituição. A justificativa é que lei infraconstitucional não pode limitar o direito garantido constitucionalmente.
Sobre este tema temos a recente decisão do STJ, em dezembro de 2020, estabeleceu a tese de que o reconhecimento do usucapião, mediante o preenchimento de seus requisitos, não pode ser impedido em razão da área discutida ser inferior ao módulo estabelecido em lei municipal.
Ainda, o colegiado levou em consideração o precedente do STF no RE 422.349 segundo o qual, preenchido os requisitos do Art. 183 da Constituição Federal, o reconhecimento do Direito do Usucapião Especial urbano não pode ser impedido por legislação infraconstitucional.
Portanto, sim, é possível usucapião e lavratura de ata notarial para fins de usucapião de imóvel de área inferior ao estabelecido pelo município.